Vegagerðin skiptist í Miðstöð og fjögur svæði.
Í miðstöð fer fram vinna við stefnumótun fyrir Vegagerðina og stjórnun hennar í heild.
Svæði Vegagerðarinnar eru Suðursvæði, Vestursvæði, Norðursvæði og Austursvæði.
Svæðismiðstöðvar eru á Selfossi, í Borgarnesi, á Akureyri og á Reyðarfirði.
Hvert svæði um sig annast framkvæmdir, viðhald og rekstur vegakerfisins og sér um að veita vegfarendum þjónustu innan svæðisins.
Kort af svæðaskiptingu Vegagerðarinnar með PDF sniði
Unnið er að því að uppfæra gagnvirka skipuritið sem hægt er að komast í hér við hliðina.
Yfirstjórn Vegagerðarinnar samanstendur af vegamálastjóra, aðstoðarvegamálastjóra og framkvæmdastjórum sviða í Reykjavík.
Yfirstjórnin tekur ákvarðanir um stefnu og stjórnun stofnunarinnar og þau atriði sem ganga þvert á starfsemi sviða, svæða, umdæma og deilda. Yfirstjórn tekur ákvarðanir um rekstraráætlanir stofnunarinnar og afgreiðir erindi og verkefni sem Vegagerðinni berast eftir nánari ákvörðun vegamálastjóra.
Yfirstjórn skipa:
Hreinn Haraldsson, vegamálastjóri
Gunnar Gunnarsson, aðstoðarvegamálastjóri
Jón Helgason, framkvæmdastjóri mannvirkjasviðs
Kristín H. Sigurbjörnsdóttir, framkvæmdastjóri fjármálasviðs
Jónas Snæbjörnsson, framkvæmdastjóri þróunarsviðs